গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের মন্ত্রিসভাকে সাচিবিক সহায়তা প্রদানের উদ্দেশে ১৯৭২ সালে মন্ত্রিপরিষদ বিষয়ক মন্ত্রণালয় (Ministry of Cabinet Affairs)-এর অধীনে একটি বিভাগ হিসাবে মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ গঠন করা হয়৷ ১৯৭৫ সালে মন্ত্রিপরিষদ বিভাগকে রাষ্ট্রপতির সচিবালয়ের অধীনে এবং পরবর্তী সময়ে মন্ত্রিপরিষদ সচিবালয়ের অধীনে ন্যস্ত করা হয়৷ ১৯৮২ সালে মন্ত্রিপরিষদ বিভাগকে প্রধান সামরিক আইন প্রশাসকের সচিবালয়ের আওতাভুক্ত করা হয় এবং ১৯৮৩ সালে মন্ত্রিপরিষদ বিভাগকে পুনরায় রাষ্ট্রপতির সচিবালয়ের অধীন ন্যস্ত করা হয়৷ সংসদীয় সরকার ব্যবস্থার সঙ্গে সংগতি রেখে ১৯ অক্টোবর ১৯৯১ তারিখে একটি স্বয়ংসম্পূর্ণ প্রশাসনিক বিভাগ হিসাবে বর্তমান মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ গঠিত হয়৷ Allocation of Business Among the Different Ministries and Divisions (Schedule 1 of the Rules of Business, 1996)-এর ক্রমিক ৪-এ মন্ত্রিপরিষদ বিভাগের অবস্থান৷ মন্ত্রিপরিষদ বিভাগের দায়িত্বপ্রাপ্ত মন্ত্রী হিসাবে এ বিভাগ সরাসরি মাননীয় প্রধানমন্ত্রীর তত্ত্বাবধানে পরিচালিত ৷